284 将来計画及び運営方針
5-5 計算科学研究センター
計算科学研究センターにおいては，２０００年度における計算科学研究センター化にともない，従来の共同利用に加 えて，理論，方法論の開発等の研究以外にも，研究の場の提供，ネットワーク業務の支援，人材育成等の新たな業務 に取り組んできているところであるが，２００６年度においても，次世代スーパーコンピュータプロジェクト支援，分子・ 物質シミュレーション中核拠点形成，ネットワーク管理室支援等をはじめとした様々な活動を展開してきている。上 記プロジェクトについてはそれぞれの項に詳しく，ここでは共同利用に関する活動を中心に，特に設備の運用につい て述べる。
２００７年１月現在の計算機システムの概要を下図に示す。システムは大きく分けて２系統からなる。最初のものは 共同利用に供している超高速分子シミュレータと汎用高速演算システムからなり，前者は今年度，２００６年７月に新 たに導入され，後者は２００３年３月に更新されて山手地区に設置されている。もうひとつは，次世代スーパーコン ピュータプロジェクトにおけるアプリケーションの開発環境であるが，これらはいずれも分子科学やナノサイエンス の計算科学分野における高性能システムである。
システム構成図
まず，２００６年７月より運用を開始した新システム「超高速分子シミュレータ」は，これまでの共同利用のスーパー コンピュータシステム（富士通 VPP5000，SGI2800/Origin3800）の後継機である。新システムは，量子化学，分子シミュ レーション，固体電子論，反応動力学などの共同利用の多様な計算要求に応えうるための汎用性があるばかりでなく， ユーザーサイドの PC クラスターで実行が不可能な大規模計算を実行できる性能がある。新システムは富士通の PrimeQuest と SGI の Altix4700 から構成される共有メモリ型スカラー計算機で，両サブシステムは同一体系の CPU（Intel Itanium2）および OS（Linux2.6）をもとに，バイナリ互換性を保って一体的に運用される。システム全体として総演 算性能 8 Tflops で総メモリ容量 10 TByte 超である。
PrimeQuest サブシステムは，64 CPU コア／ 256 GB からなる SMP ノード１０台で構成される。演算ノード間は 16 GB/s のバンド幅で相互接続され，大規模な分子動力学計算などノード間をまたがる並列ジョブを高速で実行すること ができる。Altix4700 サブシステムは２ノード構成からなり，それぞれ 512 CPU コア／ 6 TB および 128 CPU コア／ 2 TB を有する NUMA 型の共有メモリシステムである。さらに本サブシステムには，磁気ディスク装置 SGI TP9700 がジョ
将来計画及び運営方針 285 ブ作業領域として提供され，実効容量 104 T B および総理論読み出し性能 12 G B /s を有するディスク I /O を実現する。 本サブシステムは大容量（最大 6 T B ）の共有メモリおよび超高速ディスク I/O に特徴をもち，大規模で高精度な量子 化学計算を可能とする。
共同利用における新システムの導入にあたり，運用面でも世界をリードする計算科学研究を本センターから発信し ていくことができるよう，大規模ユーザのために新たに施設利用Ｓを設定した。これに従い，審査により，年間３－ ４件程度の利用グループに本システムを優先的に使用していただき，従来の共同利用の枠を超えた超大規模計算の環 境を提供している。
２００３年３月に導入された汎用高速演算システムは，NE C 製 S X -7 で構成される主システムと T X -7 で構成される副 システムとから成る。NE C S X -7 は l C PU あたり 8.8 G flops の最高演算能力を持ち，256 G B の共有メモリに結合され た 32 C PU の演算装置から構成され，総合演算性能 282.5 G f l ops の共有メモリ型ベクトル計算機である。また，T X -7 は 4 G B のメモリを持ち最大 4 G f l ops の演算性能を有する C PU を３２台搭載したノードを基本単位として構成されて いる。本システムは２ノードから成り，合わせて 64 C PU，256 GB ，256 Gflops の総合性能を有する分散メモリ型スカ ラー計算機である。このうち主システムは高速演算，大容量メモリを活用した大規模分子科学計算に用いられ，また 副システムは分子科学計算に加え，ホモロジー検索を主としたバイオサイエンス分野での利用に供されている。
共同利用に関しては，２００６年度も１４１の研究グループの総数５５５名にもおよぶ全国の利用者に共同利用施設とし て広くサービスを提供し，計算科学分野の中核的拠点センターとしての役割を果たしている。これに答えるために， 通常の研究室レベルでは不可能な大規模計算を実行できる計算環境をさらに充実するために，汎用高速演算システム を２００８年２月に更新する。
一方，次世代スーパーコンピュータプロジェクト・ナノ分野グランドチャレンジ研究におけるアプリケーション開 発環境として，H i tachi S R 11000 と H A 8000 を運用している。このうち，S R 11000 は，総合理論演算性能 5.44 T f l ops， 総メモリ容量 3.072 T B の共有メモリ型スカラ並列コンピュータであり，システムは 16way（C PU）を持つ演算ノード ５０台で構成され，ノード間は 8 G B y te/s のクロスバーで相互接続されており，周辺装置として 6.8 T B の R A I D ディ スク装置装備している。H A 8000 は，総合理論演算性能 5.495 G F l ops，総メモリ容量 1.796 T B の分散型スカラ並列コ ンピュータで，演算ノードとして 2 C PU を持つ PC サーバ 449 台から構成され，128 ノードごとに 2 Gbps で相互接続 してクラスタを形成している。各クラスタは，周辺装置として 1.1 T B の R A ID ディスク装置を備えている。
計算科学研究センターは，国家基幹技術の一つとして位置づけられている次世代スーパーコンピュータプロジェク トの中で，ナノサイエンスに関わるアプリケーション開発という重要な役割の一端を担っており，分子科学に関わる 計算科学研究のナショナルセンターとでもいうべき分野拠点として，多様な活動の展開がさらに求められている。
